Если объяснять кратко и простыми словами, не вдаваясь в физику с химией, то в процессе электролиза выделяется  H2 и O2, а также водяной пар. Газовая смесь очищается в сепараторе. Уже очищенный газ направляется в камеру сгорания, где и происходит химической реакции с выделением тепла на теплоноситель. А если нужно точнее и подробнее, то тебе на pechiexpert нужно: там водородный котел полностью описан.